El arzobispo de Buenos Aires fue citado en la causa que investiga delitos de lesa humanidad cometidos en la ESMA porque una testigo dijo que el religioso le retiró el respaldo de la Iglesia a dos sacerdotes que luego fueron secuestrados.
Finalmente el cardenal Jorge Bergoglio fue citado como testigo en el juicio que se sigue por delitos de lesa humanidad cometidos en la Escuela de Mécánica de la Armada durante la última dictadura militar.
La decisión la tomó el Tribunal Oral Federal 5 luego que una testigo mencionó que el hoy cardenal habría quitado la protección de la Iglesia a dos sacerdotes jesuitas, Francisco Jalics y Orlando Yorio, quienes trabajaban en la villa del Bajo Flores y que poco después de ese episodio fueron secuestrados y luego liberados por gestiones de instancias superiores a Bergoglio dentro de la institución.
Bergoglio pidió a los jueces declarar por escrito, un derecho que tiene ‘por su investidura al igual que legisladores y funcionarios nacionales, pero los jueces tienen la última palabra, ya que también podrían optar por trasladar el tribunal a la sede de la nunciatura.